《温泉的秘密》是一部将民俗奇幻与温情治愈相融合的漫画，故事发生在深山中一家百年老字号温泉旅馆“月见汤”。年轻老板娘月野香织在祖父去世后接手旅馆，却发现这里的泉水不仅能让身体温暖，还能让泡汤者“看见”内心最渴望或最恐惧的画面——有人看到逝去的亲人坐在对面微笑，有人看到自己童年走失的狗从雾中跑来，有人看到未来伴侣模糊的轮廓。香织最初被这些异象吓到，但渐渐明白，这眼温泉是祖先与山神缔约留下的“心镜”。她开始用这份力量帮助客人放下执念，而她自己也在泉水中看到了那个总是默默帮她劈柴、却从不说话的年轻厨师——原来他曾在百年前的一场雪崩中救过她的前世。
一位中年女客人在深夜独自泡汤时，看见白雾里浮出她去世二十年的父亲。父亲像生前那样皱眉说她“穿太薄”，她哭着起身想拥抱，却只掬起一捧温热的水。香织递上毛巾：“他一直在夸你，把旅馆打理得很好。”
香织在泉水中看见了旅馆年轻厨师阿守，画面里他身着古装，在暴风雪中背着她往山上走。她惊醒后去问阿守，阿守只是沉默地继续劈柴，但堆好的柴火被她数出了“百年前雪崩那天的日期”。
一位老爷爷带着亡妻的订婚戒指来泡汤，说想“再向她求一次婚”。他把戒指浸入泉水，水面浮现出年轻妻子笑着点头的样子。老爷爷泪流满面地把戒指戴上自己小指，说“这下她永远戴着我的承诺了”。
一名推理小说家在旅馆闭关写作，泡汤后突然失踪。香织在温泉边找到他摊开的笔记本，上面画着一幅地图——他看见的画面是旅馆地下有一条通往山神的古道。香织悄悄合上本子，对着泉水说“有些秘密，是泉水和山神的约定”。
当地下起罕见大雪，一位穿着单衣的女孩来投宿。香织发现她泡汤时水面不映人影，而映出一片冰原。阿守第一次开口说话：“她是山神的女儿，每五十年下山来确认温泉还在不在。”香织把最暖的棉被给了她。
香织在祖父的遗物中找到一卷古书，记载“月见汤”必须每三十年由老板娘独自在月圆之夜进入汤池，向山神“报泉”。她在满月之夜走入泉水，水下有光托起她的脚踝，祖父的声音从水底传来：“香织，你做得比爷爷好。”